股东协议主要记录股东之间的合作安排，公司章程是公司的基础治理文件。两者不能简单互相替代。涉及公司决策和股权变动的关键规则，应根据效力对象和办理要求在协议、章程与公司决议中协调表达。
出资义务需要可执行
除认缴金额和期限外，可约定资金用途、未按期出资的催缴程序、失权或违约责任，以及技术、渠道等非货币承诺如何验收。股东之间附加的投入义务，应与法定出资责任区分。
控制权条款形成完整机制
应明确股东会表决门槛、董事提名和席位、管理层任免、印章账户及重大事项清单。某一股东拥有较高持股比例，并不表示所有事项都能单独决定；反之，过多事项要求一致同意也可能导致公司僵局。
利润分配与资金使用
股东预期的“分红”应建立在依法形成可分配利润和有效决议基础上。可约定预算、关联交易、融资借款和大额支出的审批机制，避免把公司资金与股东个人资金混用。
股权转让和融资条款
应结合适用规则设计优先购买、共同出售、优先认购、反稀释或随售安排，并明确通知、估值、期限和违约后果。融资文件引入新投资人时，还需检查原协议和章程的批准条件。
僵局和退出机制
可设置逐级协商、第三方调解、收购选择或清算等机制，但应明确触发标准、估值方法和资金可行性。争议解决条款还需统一法院或仲裁约定，避免不同文件相互冲突。